El grande patio, dominado por la loggia del siglo 15, continua a ser muy interesante para los visitantes. Es un ejemplo impresionante de la supervivencia del simbolismo de este lugar. Aquí se ubicaba el centro administrativo, político y religioso de la época Romana, así como un templo cristiano, por lo menos desde el siglo 11, el Palacio Episcopal desde la segunda mitad del siglo 12 y un Museo desde 1911. Es, por todo eso, uno de los rincones más complexos y excitantes de la ciudad.
Las colecciones - escultura, metales preciosos, cerámica, textiles, mobiliario y arqueología - provienen en su grande mayoría de los monasterios y de los conventos extintos de la diócesis de Coimbra y son el reflejo de la riqueza y de la elevada cultura de la Iglesia Católica y sus patronos, sobretodo durante la Edad Media y el Renacimiento.Observar estas colecciones es como vivir de nuebo los principales estilos artísticos que han dominado Europa desde el siglo 12 al siglo 18.
Esta construcción Romana suportaba el patio y sus edificios circundantes. El foro era el corazón de la ciudad Romana, ubicado cerca de la intersección de dos carreteras principales: el cardo y el decumanus. Estas dos calles usadas en la planificación de la ciudad Romana tenían una orientación similar a los puntos cardinales: norte-sul y este-oeste.
La escultura es una de las más importantes atracciones de la colección del museo.La colección se divide en cuatro partes distintas, en el plano de materiales y estilos, cubriendo la escultura portuguesa y extranjera del siglo 11 al siglo 18.La primera parte de la colección ilustra la evolución de la escultura portuguesa tallada en piedra desde la era pre-romana al final del Renacimiento.
La importancia que la Reina Santa Isabel tiene para la cultura portuguesa, especialmente en Coimbra, justifica la interrupción de la secuencia cronológica en la presentación de los metales preciosos medievales.Son presentadas las piezas de su monasterio, dedicado a Santa Clara, preservadas a lo largo de los siglos y que son sus tesoros más preciosos, así como otras obras de arte de diferentes épocas y proveniencias, simbolizando sus excepcionales calidades.
Aunque la colección de metales preciosos del museo provenga en su mayoría de las iglesias y las instituciones religiosas de Coimbra y de la región circundante, esta custodia es una excepción muy importante. Fue adquirida en 1914 y pertenencia al antiguo convento del Santísimo Sacramento de Alcântara, en Lisboa.Un ejemplo excepcional del Barroco Joanino, esta custodia tiene la forma de un ángel arrodillado con un sol brillante en las manos.Un símbolo de la Iglesia triunfante, esta custodia es un trabajo de grande efecto dramático, el resultado del contraste entre la figura delicada del ángel bajo una tensión evidente y la hostia monumental que tiene en sus manos y entre el color térreo del ángel y el brillo celestial de la plata y de las piedras centelleantes.
Las obras de renovación fueron realizados por el prestigiado arquitecto Portugués contemporáneo Gonçalo Byrne.