O grande pátio, dominado pela loggia quinhentista que exerce uma grande atração sobre quem passa neste ponto da cidade, é um exemplo impressivo de sobrevivência da carga simbólica de um lugar. Ele foi centro administrativo, político e religioso na época romana, foi templo cristão, pelo menos desde o séc. XI, paço episcopal a partir da segunda metade do séc. XII, museu desde 1911. É, por isso, um dos lugares mais complexos e aliciantes da cidade.
As colecções – escultura, metais preciosos, cerâmica, têxteis, mobiliário e arqueologia – provêm, na sua grande maioria, dos mosteiros e conventos abandonados da diocese de Coimbra e são reflexo da riqueza e da elevada cultura da Igreja Católica e seus patronos, sobretudo durante a Idade Média e o Renascimento. Ao observar estas colecções, irá testemunhar os principais estilos artísticos que dominaram a Europa do séc. XII ao séc. XVIII.
Esta construção romana suportava o pátio e os seus edifícios circundantes. O fórum era o coração da cidade romana, situada nas imediações da intersecção das principais estradas: o cardo e o decumanus. Estas duas ruas, usadas na planificação da cidade Romana, tinham uma orientação similar à dos pontos cardeais: norte-sul e este-oeste.
A escultura é uma das mais importantes atracções do acervo deste museu.A colecção divide-se em quatro partes distintas, no plano de materiais e estilos, cobrindo a escultura portuguesa e estrangeira do séc. XI ao séc. XVIII.A primeira parte da colecção ilustra a evolução da escultura portuguesa talhada em pedra desde a era pré-Romana ao final do Renascimento.
A importância de que a Rainha Santa Isabel se reveste para a cultura portuguesa e, em especial, para Coimbra, justifica a interrupção da sequência cronológica na exposição dos metais preciosos medievais. São apresentadas as peças do seu mosteiro, dedicado a Santa Clara, preservadas ao longo dos séculos e que são os seus tesouros mais preciosos, assim como outras obras de arte de diferentes épocas e origens, simbolizando as suas excepcionais qualidades.
Ainda que a colecção de metais preciosos do museu provenha, na sua maioria, das igrejas e instituições religiosas de Coimbra e das imediações, esta custódia é uma excepção muito importante. Foi adquirida em 1914 e pertencia ao antigo convento do Santíssimo Sacramento de Alcântara em Lisboa. Um exemplo excepcional do Barroco Joanino, esta custódia tem a forma de um anjo ajoelhado, com um sol brilhante nas mãos. Um símbolo da igreja triunfante, esta custódia é um trabalho de grande efeito dramático, o resultado do contraste entre a figura delicada do anjo sob uma tensão evidente e a hóstia monumental que tem nas mãos e entre a cor térrea do anjo e o brilho celestial da prata e das suas pedras cintilantes.
As obras de renovação ficaram a cargo do prestigiado arquitecto contemporâneo Gonçalo Byrne.