Desde 1547 el plano del colegio sufrió innumerables vicisitudes, entre avances, retrocesos y modificaciones de planta. Finalmente, en 1598 se puso la primera piedra del proyecto de Baltazar Álvares, el arquitecto a quien se atribuye su diseño. Las obras se alargaron hasta 1640, fecha en que la iglesia dedicada a las 11.000 vírgenes se abrió al culto.
Si pasas por el Largo da Feira déjate envolver por la magnificencia del edificio jesuita, en el que la fachada monumental tiene, sin duda, el papel más destacado. El macizo conjunto se levanta, entre estatuas, ventanas y recortes sinuosos, en dirección al cielo, como una afirmación de fe de la poderosa Companhia de Jesús, que dictaba las reglas allí. En el interior, entre la austeridad voluminosa de la piedra blanca, se abren pequeñas capillas devocionales, hasta que la vista se dirige hacia arriba, donde reluce un espléndido retablo de talla barroca.
Tras la expulsión del país de los Jesuitas por parte del Marquês de Pombal, el Colegio quedó abandonado, y en 1772 el Cabildo de la Catedral se mudó para este espacio, dado que el viejo edificio románico de la primitiva Catedral se había quedado pequeño para los opulentos oficios litúrgicos. Así, el espacio que una vez sirvió a la Universidad como lugar de saber y cultura pasó a ser la sede de la diócesis de Coimbra.