Il a été construit dans le style manuélin.
Le bâtiment qui existe aujourd'hui est le résultat des travaux réalisés par Marcos Pires et finis par Diogo de Castilho. La chapelle a subi de petites rénovations dans les XVIIe et XVIIIe siècles.
La chapelle royale dédiée à Saint Michel était également le siège de la confrérie des professeurs et des étudiants sous l'invocation de Notre- Dame de la Lumière. Sa structure architecturale est manuélin, un style décoratif essentiellement visible dans les grandes fenêtres de la nef et du transept.
Lorsque l'Université a acquis le Palais a également acquis la chapelle, le maintien de son privilège royal.
Le carrelage des principales dates de la chapelle de 1613, et l'allée est couverte de «tapis» comme des tuiles qui ont été fabriqués à Lisbonne. La peinture du plafond a été faite par Francisco F. de Araújo à la fin du 17ème siècle. Plus tard, il a été rénové et le manteau des bras a été modernisé.
L'orgue baroque est décoré avec des motifs chinois similaires à ceux présents dans les rayons de la bibliothèque baroque. Cet organe dates de 1737 et compte environ 2 000 tuyaux. Son acquisition a été parrainé par le roi Jean V. L'orgue est toujours opérationnel.
Tous les jours | Du 1 août au 30 septembre 2020• Bibliothèque Joanine: 09:40 - 13:00 et 14:00 - 17:00 (dernière entrée à 16:40);• Chapelle: 10:00 - 18:00 (ne ferme pas au déjeuner);• Palace Royal: 10:00 - 18:00 (ne ferme pas au déjeuner);• Magasin - Faculté de Droit: 10:00 - 13:00 e 14:00 - 17:45;• Billetterie: 09:30 - 17:45 (ne ferme pas au déjeuner);• Nouveau magasin: 09:30 - 17:45 (ne ferme pas au déjeuner);• Exposition Da Vinci: 10:00 - 18:00 (ne ferme pas au déjeuner);• Musée de la Science (Laboratoire Chimico et Colégio de Jesus) - 10:00 - 13:00 et 14:00 - 18:00.