O edifício actual é o resultado de trabalhos dirigidos por Marcos Pires e terminados por Diogo de Castilho. A capela passou por pequenas reformas nos séculos XVII e XVIII.A Real capela dedicada a São Miguel foi a sede da Confraria de professores e alunos sob a invocação de Nossa Senhora da Luz. A sua estrutura arquitetônica é manuelina, estilo decorativo visível nas enormes janelas da nave central e no arco cruzeiro.
Quando a Universidade adquiriu o Palácio, adquiriu igualmente a Capela, mantendo esta o privilégio real. O revestimento azulejar da capela-mor data de 1613, e a nave foi revestida com azulejos tipo “tapete” que foram fabricados em Lisboa. A pintura do teto deve-se ao lisboeta Francisco F. de Araújo, que a executou no fim do séc. XVII. Mais tarde, foi renovado e o escudo real foi modernizado.
O púlpito foi utilizado pelo Padre António Vieira em 1663 para proferir o sermão dedicado a Santa Catarina, cujo altar data já do século XVIII. Do lado esquerdo está o altar dedicado a Nossa Senhora da Luz, padroeira de todos os Estudantes. A capela é consagrada, é celebrada a missa dominical e são realizados casamentos para membros da comunidade universitária.
O órgão barroco com caixa decorada com motivos chineses, semelhantes aos das estantes da Biblioteca Joanina data de 1737 e tem mais de 2.000 tubos. Ainda hoje funciona.
Diariamente | De 1 de Agosto a 30 de Setembro de 2020• Biblioteca Joanina: 09:40 - 13:00 e 14:00 - 17:00 (última entrada às 16:40);• Capela: 10:00 - 18:00 (sem pausa de almoço);• Paço Real: 10:00 - 18:00 (sem pausa de almoço);• Loja Direito: 10:00 - 13:00 e 14:00 - 17:45;• Bilheteira: 09:30 - 17:45 (sem pausa de almoço);• Loja nova: 09:30 - 17:45 (sem pausa de almoço);• Exposição Da Vinci: 10:00 - 18:00 (sem pausa de almoço);• Museu da Ciência (Laboratório Chimico e Colégio de Jesus) - 10:00 - 13:00 e 14:00 - 18:00.