Das Heiligtum von Fátima ist eines der beeindruckendsten religiösen Heiligtümer der Welt, ein Ort der Ruhe und Treffpunkt für Christen, Katholiken, Protestanten, Orthodoxen, Muslime, Juden, Hindus, Buddhisten und Agnostiker aus aller Welt.
Am 13. Mai 1917 hüteten drei Kinder ihre kleine Herde in der Cova da Iria in der Gemeinde Fátima bei der Stadt Vila Nova de Ourém, die heute zur Diözese Leiria-Fátima gehört. Es waren Lúcia de Jesus (10 Jahre alt) sowie ihre Cousins Francisco und Jacinta Marto (9 bzw. 7 Jahre alt).
Gegen Mittag, nachdem sie den Rosenkranz gebetet hatten, begannen sie wie so oft ein kleines Haus aus umherliegenden Steinen zu bauen – an dem Ort, an dem heute die Basilika steht. Plötzlich sahen sie ein helles Licht und dachten zunächst, dass es ein Blitz sei. Also beschlossen sie, nach Hause zu gehen. Doch dann sahen sie einen weiteren Blitz an der Spitze einer Steineiche – dort, wo heute die Kapelle der Erscheinungen steht – und genau dort „eine Dame, heller als die Sonne“, die in ihren Händen einen weißen Rosenkranz trug.
Die Frau sagte den drei kleinen Hirten, dass es notwendig sei, viel zu beten und lud sie ein, jeweils am 13 Tag der folgenden fünf Monate zur gleichen Stunde in die Cova da Iria zurückzukommen. Die Kinder taten dies, und am 13. Juni, Juli, September und Oktober erschien die Dame erneut und sprach zu ihnen. Am 19. August fand die Erscheinung bei Valinhos, etwa 500 Meter von Aljustrel statt, weil die Kinder am 13. wurden vom lokalen Verwalter nach Vila Nova de Ourém geschickt worden waren.
Bei der letzten Erscheinung am 13. Oktober, bei der etwa 70.000 Menschen anwesend waren, sagte die Dame zu den Kindern, dass sie die "Frau des Rosenkranzes" sei und ihr zu Ehren eine Kapelle errichtet werden sollte. Nach der Erscheinung erlebten alle Anwesenden das Wunder, das den Kindern im Juli und September versprochen worden war: Die Sonne, die einer Silberscheibe glich, war ohne Schwierigkeiten zu sehen und drehte sich wie ein Feuerrad um sich selbst. Es sah aus, als ob sie auf die Erde fallen würde.
Später, als Lúcia Ordensfrau der Heiligen Doroteia war, erschien ihr die Muttergottes erneut in Spanien (am 10. Dezember 1925 und am 15, Februar 1926 im Kloster von Pontevedra und in der Nacht vom 13. zum 14. Juni im Kloster von Tuy) und bat um die Andacht der ersten fünf Samstage (Rosenkranzgebet, Meditation über die Rosenkranzgeheimnisse , Beichte und Empfang der Heiligen als Sühne für die Sünden, die am Unbefleckte Herz Marias begangen worden waren) und die Weihe Russlands auf dasselbe Unbefleckte Herz. Diese Bitte hatte sie bereits bei der Erscheinung am 13. Juli 1917 im sogenannten "Geheimnis von Fátima" geäußert.
Jahre später berichtete die Schwester, dass zwischen April und Oktober 1916 den drei Sehern drei Mal ein Engel erschienen war – zweimal in der Loca do Cabeço und einmal im Garten hinter dem Haus von Lúcia.
Seit 1917 strömen Tausende und Abertausende von Pilgern aus aller Welt unaufhörlich zur der Cova da Iria – zunächst am 13. eines jeden Monats, später während der Sommer- und Winterferien, jetzt mehr und mehr an Wochenenden und jeden Tag das ganze Jahr über.
Der Sockel, auf dem sich die Statue der Muttergottes steht, markiert genau die Stelle, an der einst die einen Meter hohe kleine Steineiche stand (die heute nicht mehr existiert, das sie die ersten Pilger Ast für Ast mitnahmen), auf der die Muttergottes den Hirtenkindern am 13. Mai, Juni, Juli, September und Oktober 1917 erschien.Der Bau der Kapelle war die Antwort auf die Bitte der Muttergottes: "Ich möchte, dass ihr hier eine Kapelle zu meinen Ehren baut." Sie wurde vom 28. April bis zum 15. Juni 1919 am Ort der Erscheinungen errichtet. Die erste Messe wurde am 13. Oktober 1921 gefeiert.1982 wurde eine große Vorhalle gebaut und während des Besuchs von Papst Johannes Paul II. am 12. Mai desselben Jahres eingeweiht
Im Jahr 1988, das Unserer Lieben Frau von Fátima gewidmet wurde, wurde sie mit Kiefernholz aus dem Norden von Sibirien ausgekleidet. Es wurde aufgrund seiner Haltbarkeit und Leichtigkeit ausgewählt .
Die ursprüngliche Kapelle wurde zwar im Laufe der Jahre leicht renoviert, doch die Spuren einer volkstümlichen Einsiedelei sind erhalten geblieben.
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