A pesar de su casamiento, el Infante tenía encuentros románticos con Inês en los jardines de la Quinta das Lágrimas. Tras la muerte de D. Constança en 1345, D. Pedro vivió maritalmente con Inês, lo que acabó por enfrentarlo con su padre, el rey D. Afonso IV, que condenaba vehementemente la relación, y provocó una fuerte reprobación de la corte y del pueblo.
Durante años, Pedro e Inês vivieron en los Paços de Santa Clara, en Coimbra, con sus tres hijos. Pero la censura creciente a la unión por parte de la corte presionaba constantemente a D. Afonso IV, que finalmente ordenó asesinar a Inês de Castro en enero de 1355. Loco de dolor, Pedro lideró una rebelión contra el rey, sin perdonar nunca el asesinato de su amada. Cuando finalmente subió al trono en 1357, D. Pedro ordenó capturar y matar a los asesinos de Inês, arrancándoles el corazón, lo que le valió el apodo de "el Cruel".
Posteriormente, jurando que se había llegado a casar en secreto con Inês de Castro, D. Pedro le otorgó su reconocimiento como reina de Portugal. En abril de 1360, ordenó al traslado del cuerpo de Inês desde Coimbra hasta el Real Monasterio de Alcobaça, donde construyó dos magníficas sepulcros, para poder descansar allí para siempre junto a su eterna amada. Así quedó inmortalizada en piedra la historia de amor portuguesa más apasionante.