L’église Paroissiale, située sur la place du même nom, est le temple principal de Óbidos. Mosquée à l’époque musulmane et consacrée par D. Afonso Henriques peu de temps après la conquête de la Ville en 1148. Si la date exacte de la fondation n’est pas connue, c’est un fait que le prieuré de la nouvelle église a été donné à S. Teotónio, compagnon de D. Afonso Henriques, une grande figure de l’Église et prieur du puissant Monastère de Santa Cruz de Coimbra, qui avait le patronage de l’Église de Sainte Marie jusqu’à ce que D. Jean III en fasse don à son épouse, la Reine D. Catherine d’Autriche.
À l’intérieur, se distingue le tombeau de D. Jean de Noronha, Le Jeune, et de son épouse D. Isabelle de Sousa, classé Monument National, car il est l’un des plus beaux exemples de la sculpture tumulaire de la renaissance portugaise. La décoration des nefs de l’Église de Sainte Marie est l’une des œuvres les plus remarquables de Mosaïques «Azulejaria» nationale, présentant les compositions de carreaux les plus monumentales basées sur des motifs rudes ainsi que les motifs décoratifs des plafonds. En ce qui concerne la peinture, se distingue, principalement, le retable de Sainte Catherine d’Alexandrie, peint par Josefa de Óbidos, peut-être la seule œuvre exécutée par elle même qui conserve toujours son emplacement d’origine.
Il convient également de noter le bel orgue à tuyaux du XVIIème siècle situé dans la partie supérieure du chœur de l’Église.