Sie wurde in maurischer Zeit als Moschee errichtet und kurz nach der Eroberung der Stadt im Jahr 1148 von D. Afonso Henriques geweiht. Das genaue Gründungsdatum ist nicht bekannt. Fest steht aber, dass das Priorat der neuen Kirche dem Heiligen Teotónio, dem Gefährten von D. Afonso Henriques, einer großen Persönlichkeit der Kirche und Vorgänger des mächtigen Klosters von Santa Cruz de Coimbra, übertragen wurde. Er hatte das Patronat über die Kirche Santa Maria inne, bis D. João III. sie seiner Frau, Königin D. Catarina von Österreich, schenkte.Im Inneren ist das Grabmal von D. João de Noronha, Moço und seiner Frau Isabel de Sousa zu erwähnen, das unter Denkmalschutz steht und eines der schönsten Beispiele des portugiesischen Renaissancestils darstellt. Die Ausschmückung der Kirchenschiffe von Santa Maria gehört zu den herausragenden Werken der nationalen Fliesenmalerei. Sie weist monumentale Fliesenkompositionen auf, die auf den eher einfach gehaltenen, dekorativen Motiven der Decken basieren.Bei den Gemälden ist vor allem das Altarbild der Heiligen Katharina von Alexandria hervorzuheben, das von Josefa d'Óbidos gemalt wurde und möglicherweise das einzige Werk der Künstlerin ist, das noch an seinem ursprünglichen Standort erhalten ist.Bemerkenswert ist auch die schöne Pfeifenorgel aus dem 17. Jahrhundert im Hochchor.