Mesquita no período muçulmano e sagrada por D. Afonso Henriques logo após a conquista da Vila em 1148. Não se conhecendo a data exacta da fundação, é um facto que o priorado da nova igreja foi entregue a S. Teotónio, companheiro de D. Afonso Henriques, grande figura da Igreja e prior do poderoso Mosteiro de Santa Cruz de Coimbra, que teve o padroado da Igreja de Santa Maria até D. João III o ter doado a sua mulher, a Rainha D. Catarina de Áustria.
No interior, destaca-se o túmulo de D. João de Noronha, o Moço, e de sua esposa D. Isabel de Sousa, classificado como Monumento Nacional, por se tratar de um dos mais belos exemplares da tumulária renascentista portuguesa. A decoração das naves da igreja de Santa Maria é uma das mais destacadas obras de toda a azulejaria nacional, apresenta as composições de azulejos mais monumentais baseadas nos brutescos e nos motivos decorativos dos tectos.Na pintura, o principal destaque vai a o retábulo de Santa Catarina de Alexandria, pintado por Josefa d’Óbidos, sendo possivelmente a única obra executada pela mesma que ainda mantém o seu local original.
De destacar ainda o belo órgão de tubos seiscentista presente no coro alto.