Die Errichtung einesd christlichen Portugals führte dazu, dass die ersten portugiesischen Könige mit den bestehenden jüdischen Gemeinden in Kontakt traten, sie in ihren Dienst nahmen (entscheidend war das Eingreifen der Juden an der Seite von Dom Afonso Henriques bei der Einnahme von Lissabon im Jahr 1147) und ihnen für ihre Hilfe bei der Besiedlung des Territoriums Privilegien gewährten. Die Gemeinden wuchsen so stark, dass es während der Herrschaft von König Dinis (1278-1324) im ganzen Land jüdische Gemeinden gab.
Gegen Ende des 15. Jahrhunderts lebten etwa 30.000 Juden in Portugal. Sie gingen ihrer Arbeit vorwiegend in städtischen Gebieten nach und organisierten sich in Gemeinden, wenn ihre Zahl mehr als zehn Familien umfasste. Sozial dominierten sie drei große Bereiche: Sie waren oft reiche Bankiers, Kaufleute, Finanzier, Physiker und bekleideten öffentliche Ämter – eine kleine, aber wirtschaftlich wichtige und privilegierte Gruppe. Hinzu kamen Handwerker und Inhaber kleiner Geschäfte und schließlich Arme und Bedürftige, eine kleine Minderheit. Alle mussten hohe Steuern zahlen.
Sie lebten meist rund um die Synagoge, wo sie ihre Bräuche und Sitten pflegten und lebten in eigenen Vierteln, den Judiarias, die in der Regel von den christlichen Vierteln durch Mauern, Zäune und Tore getrennt waren, die nachts geschlossen wurden. Gleichzeitig durften sie nicht zu weit entfernt wohnen, das sie aufgrund ihrer Berufe (Ärzte, Apotheker, Kaufleute) in ständigem Kontakt mit der Bevölkerung standen. Die wichtigsten Familien, die als Finanzberater des Königs tätig waren, lebten oft bei Hofe. Sie lebten nach ihren eigenen Grundsätzen und konnten sich direkt an die Monarchen wenden, die sie in ihren Urkunden als die ihren bezeichneten: "judei mei".
Jede Judiaria war eine Stadt in der Stadt: Sie hatte ein Gefängnis, einen Friedhof und eine gut organisierte und strukturierte Organisation unter Leitung des Rabbiners, der von den wichtigen Männern gewählt und von verschiedenen Personen unterstützt wurde: Notare, Schreiber und Schlachter, die für die rituelle Schächtung des Viehs zuständig waren. An der Spitze der Pyramide stand der Oberrabbiner, der vom Monarchen ernannt wurde und der sich direkt um alle Angelegenheiten der Gemeinden kümmerte.
Während des Mittelalters lebte der größte Teil der Bevölkerung Coimbras innerhalb der Mauern, die von der Festung gekrönt wurden. Die Burg, die letzte Schanze des gesamten Verteidigungssystems, die Kathedrale, der Bischofspalast und die wichtigsten Pfarrkirchen befanden sich dort. Außerhalb der Mauern sticht das imposante Kloster Santa Cruz hervor, das 1131 von den Mönchen des Heiligen Augustinus gegründet wurde und eine grundlegende Periode in der Behauptung der portugiesischen Identität markierte. Santa Cruz und seine Mönche prägten die klösterliche Kultur in Portugal und wurden so zur intellektuellen Referenz. Das älteste jüdische Viertel befand sich neben Santa Cruz am Hang von Corpus Christi (Corpo de Deus), gleich davor lag das muslimische Viertel. Es gab also ein christliches Coimbra, ein jüdisches Coimbra und ein arabisches Coimbra, die wie die Spitzen eines ökumenischen Dreiecks der kulturellen Vermischung angeordnet waren.
Im Juni 1139 wurde auf Anordnung des Infanten D. Afonso Henriques die Pfarrei Santa Cruz abgetrennt, die im Süden durch die Riba dos Judeus begrenzt wurde. In der Verlängerung der Judiaria nach Nordosten, bis zur Almoinha Régia, (almonia regis), die später die Quinta de Santa Cruz war und heute die Avenida Sá da Bandeira ist, befanden sich der Almocávar (Friedhof) und die Fonte dos Judeus.Das Gebiet war nur spärlich besiedelt, da sich hier nur Juden bewegten und die christlichen Frauen der Zutritt streng verboten, der Zutritt für Männer stark beschränkt war. Erwähnenswert ist jedoch die gute Nachbarschaft zwischen der Gemeinde und den Mönchen von Santa Cruz, die während der Herrschaft von König Johann III. (1521-1557) den steilen Weg an der nordöstlichen Spitze des jüdischen Viertels in eine Straße (Rua das Figueirinhas) verwandelten, die so schmal war, dass kaum ein Mann passieren konnte.
Es gibt keine schriftlichen oder belegten Aufzeichnungen, dass diese Judiaria durch Türen abgegrenzt war oder dass sich hier eine Synagoge befand. Vermutlich lag diese, wie andernorts auch, an der höchsten Stelle dieses Gebietes. Im Zentrum des jüdischen Viertels befindet sich die Kapelle Corpo de Deus (Körper Gottes) oder Nossa Senhora da Vitória (Unsere Liebe Frau des Sieges), die 1367 erbaut oder hinzugefügt wurde und heute noch existiert, jedoch vom Baustil des 17. Jahrhunderts geprägt ist.
Der erste Versuch, das neue jüdische Viertel abzugrenzen, wurde an einem Ort namens Pedreira unternommen, in der Nähe der Stiftskirche von São Salvador. Aufgrund des starken Widerstands der Priester von São Salvador grenzte der König die neue Judiaria jedoch in der Nähe des Largo de Sansão ab, auf wenig attraktivem Boden, der häufig überschwemmt wurde.
Dieses neue Viertel sollte in einem Gebiet entstehen, das von der Rua Direita bis zum Santa Justa Collegiate (auf der einen Seite) und bis zum Largo da Freiria (auf der anderen Seite) reichte. Diese Abgrenzung muss zwischen 1360 und 1380 vorgenommen worden sein.In diesem Gebiet siedelten sich auch Handwerker an, die bis heute im Einkaufsviertel (Baixa) präsent sind.
Im Jahr 1139 als eine der Grenzen der Pfarrei Santa Cruz beschrieben, befand sich der Brunnen in der Nähe der Couraça dos Apóstolos auf einem Gebiet, das "Land des Judenbrunnens" genannt wurde, da es eine der Grenzen des jüdischen Viertels war. Später wurde er umgestaltet und der Brunnen, den wir heute sehen, ist eine sorgfältig verzierte Barockkonstruktion, die 1725 fertiggestellt wurde.
Er besteht aus einer Tafel, die von zwei Pilastern vereinfachter dorischer Ordnung begrenzt wird, die ein Gebälk und zwei weitere Körper in Form von liegenden Flossen tragen, die wiederum von Sockeln begrenzt werden, auf denen sich Pyramiden erheben. Die Treppe, die den Brunnen umgibt, wurde von dem Architekten António Madeira Portugal entworfen und 1986 fertiggestellt, als der Brunnen von seinem ursprünglichen Platz hinter dem Mercado D. Pedro V. versetzt wurde.
Der Pátio da Inquisição verdankt seinen Namen der Gruppe von Gebäuden von historischem und architektonischem Wert, in denen ab 1548 das Inquisistionsgericht tagte.
Die Häuser sind auf einen Innenhof ausgerichtet, der einen Garten gehabt haben muss. Neben dem Gebäude, das das Hauptquartier des Inquisitionsgerichts von Coimbra war, gruppieren sich um den Hof auch ein Colégio das Artes, ein Kreuzgang, der teilweise von ionischen Arkaden aus dem 16. Jahrhundert begrenzt wird und einen weiterer Innenhof, um den herum mehrere Abteilungen des Inquisitionsgerichtes lagen: Gefängnisse, Folterkammern und Wohngebäude für die Inquisitoren selbst.
Wir können die Zellen heute durch die dicken Glasscheiben sehen, die als Decken eingesetzt wurden. Dank ihrer Ziegelbauweise sind sie bis heute sehenswert. In einem der kleinen Räume ist fast nur noch der Schatten einer dekorativen Freskomalerei zu sehen, die pflanzliche Ornamente darstellen.
Das Gebäude ist bemerkenswert, nicht nur wegen seiner einfachen Architektur, sondern auch wegen der vielen Restaurierungen, die es erfahren hat, einschließlich derjenigen, die der Architekt João Mendes Ribeiro vorgenommen hat, um das Gebäude für die Encontros de Fotografia (Fotografie-Treffen) nutzbar zu machen.
Vor dem Kloster Santa Cruz war der alte Largo de Sansão ein Treffpunkt, an dem auch Märkte und Feste abgehalten wurden. Wie wir wissen, wurde der Ort für die Verkündung von Urteilen genutzt – nicht nur wegen seiner Größe, sondern auch wegen seiner ganz eigenen Atmophäre.
Der Praça do Comércio, Praça Velha, Praça de São Bartolomeu oder einfach Praça war über Jahrhunderte ein wichtiger Teil des Lebens der Stadt. Auf diesem Platz fand am 5. Oktober 1567 der erste öffentliche Urteilsverkündung in der Stadt statt, bei dem 27 Männer und 72 Frauen verurteilt wurden, sechs davon zum Tod auf dem Scheiterhaufen.
Berühmt wurden die Urteilsverkündungen vom 18. Juni 1623 und vom 5. Mai 1625.Bei ersterem wurden 139 Personen verurteilt, davon zehn zum Tode. Darunter befanden sich auch zwei Nonnen aus dem Santana-Kloster, Violante de Faria (seit dem 17. Oktober 1621 inhaftiert) und ihre Schwester Mariana do Deserto, Töchter des Mathematiklehrers André de Avelar. Sie wurden beide zu einer Gefängnisstrafe in einem von den Inquisitoren ausgewählten Kloster verurteilt. Im selben Prozess wurde auch André de Avelar zu lebenslanger Haft verurteilt. Zwei Tage später wurde er nach Lissabon geschickt, um seine Strafe zu verbüßen. Am 4. Mai 1624 fand auf demselben Platz eine weitere Urteilsverkündung statt. Dabei wurde der Sohn von André de Avelar, Pedro Homem de Faria, der seit dem 11. Februar 1621 verhaftet war, dazu verurteilt, fünf Jahre auf einer Galeere zu rudern. Am Sonntag, dem 5. Mai 1625, wurden 189 Personen verurteilt, darunter 11 Nonnen. Neun Personen jüdischer Herkunft wurden lebendig verbrannt, darunter eine Nonne aus dem Kloster Semide bei Coimbra.
Die Jesuiten begannen den Bau im Jahr 1598. Die Fassade zeugt von der langen Bauzeit, die etwa ein Jahrhundert dauerte: Die erste Phase mit ausgeprägt klassizistischen Linien, eine zweite Phase im barocken Stil. Die Heiligen der Gesellschaft Jesu - der Heilige Ignatius und der Heilige Ludwig Gonzaga, der Heilige Franz Xaver und der Heilige Franz von Borja - markieren bildhauerisch die erste Phase der Fassade.
Sie war die Privatkirche des Kollegs der Gesellschaft Jesu und gehörte dem Orden bis zu seiner Vertreibung aus Portugal im Jahr 1759. Obwohl die Gesellschaft Jesu bis etwa 1620 mit dem Heiligen Offizium verbunden war und gegen Ketzereien und die hebräischen Gemeinden vorging, war dieser Tempel nicht direkt mit der Inquisition verbunden. Sie gilt jedoch als symbolischer Ort, denn hier lebte Pater António Vieira drei Jahre lang, im Kolleg neben der Kirche, nachdem er vom Heiligen Offizium verurteilt worden war. Hier wurde er auch am Nachmittag des 23. Dezember 1667 von demselben Gericht verurteilt, "für immer der aktiven und passiven Stimme beraubt zu werden, zu predigen und in dem Haus seiner Religion eingesperrt zu werden, das das heilige Amt bestimmt hat".
Die Universität wurde 1290 in Lissabon gegründet und 1537, während der Herrschaft von König João III., endgültig nach Coimbra verlegt und im Königspalast eingerichtet. Damals wurden die studentische Ausbildung reformiert und neue Lehrer aus dem In- und Ausland angestellt.
Hier wurden neue Methoden und neue wissenschaftliche Themen vermittelt – nicht zuletzt dank der "estrangeirados", den Portugiesen, die durch ihre Reisen direkten Kontakt mit anderen europäischen Ländern hatten, und ihre Erfahrungen einbrachten. Aber es waren auch jüdische und neuen christliche Lehrkräfte, die dieser Universität, einer der ältesten in Europa, wichtige wissenschaftliche Erkenntnisse brachten, besonders auf den Gebieten der Medizin, der Naturwissenschaften und der Botanik. Sie trugen dazu bei, die Universität in ein Zentrum des "freien Denkens" zu verwandeln, das als Bedrohung für die Einheit des Glaubens und die Religions- und Kulturpolitik des Königreichs betrachtet wurde. Jede Abweichung von der Politik des Konzils von Trient wurde verurteilt und eine große Anzahl von Professoren litt unter Verfolgung. Sie wurden der Homosexualität und der Ausübung unmoralischer Handlungen, der Gotteslästerung gegen die Religion, der Tendenzen zum Protestantismus und zum Judentum beschuldigt, viele wurden inhaftiert, verurteilt und gezwungen, ihre Professuren aufzugeben.
In der Lehre wurden nur wenige Innovationen geduldet. Die Universität wurde in ihrer Entwicklung gestoppt, beharrte auf der scholastischen Methodik und zeigte sich für jeglichen wissenschaftlichen und kulturellen Fortschritt wenig aufgeschlossen. Wenige waren es, die im Kampf gegen die organisierte und weit verbreitete Zensur den Empirismus überwanden, indem sie ihn in eine aufgeklärte wissenschaftliche Haltung verwandelten.