La construcción del Portugal cristiano ha llevado a que los reyes portugueses hayan contactado con las existentes comunidades judías, aceptando su ayuda (han tenido un papel decisivo al lado del Rey D. Afonso Henriques cuando Lisboa fue conquistada por los Moros en 1147) y dándoles algunos beneficios por su auxilio en la población del territorio. Las comunidades se han desarrollado a tal punto que durante el reinado de D. Dinis (1278-1324) había comunas judaicas por todo el país.
En el final del siglo 15, vivían aproximadamente 30.000 judíos en Portugal. Tenían, en su mayoría, trabajos urbanos y se organizaban en comunas cuando el grupo excedía 10 familias. En el plano social, pertenecían a tres clases importantes: los banqueros ricos, los comerciantes, los médicos y los funcionarios públicos, un grupo pequeño, pero económicamente relevante y privilegiado; los artesanos y los pequeños comerciantes y los pobres e indigentes, una pequeña minoría. Todos ellos eran forzados impuestos muy elevados.
Organizados en torno de la sinagoga, han preservado sus hábitos y vivían en sus barrios propios (las juderías), generalmente separado de las zonas cristianas a través de paredes y de portones que se cerraban por la noche. Todavía, estos barrios no se ubicaban lejos, porque debido a sus profesiones (médicos, farmacéuticos y comerciantes), precisaban de estar en contacto permanente con la población. Las familias más distintas hacían parte de la corte, siendo consejeros del rey. Tenían sus propias reglas y podían apellar directamente al rey, que se refería a ellos en documentos como siendo su posesión: “judei mei”.
Cada judería era una ciudad dentro de la ciudad: tenían una prisión, un cementerio y una sociedad bien organizada y estratificada bajo la autoridad del rabí, elegido por los hombres importantes y ayudado por diversas personas: notarios, funcionarios y corta-gargantas, responsables por el ritual de asesinar el ganado. El topo de la pirámide era ocupado por el jefe rabí, designado por el rey y que, con él, se ocupaba de las cuestiones relacionadas con las comunidades.
En la Edad Media, la mayor parte de la población de Coimbra vivía dentro de los muros, coronada por una fortaleza de origen califa: allí estaba el castillo, el último reducto de todo el sistema defensivo, la Catedral, el Palacio de los Obispos y las principales iglesias parroquiales. Fuera de los muros, debemos destacar la magnificencia del monasterio de Santa Cruz. Fundada en 1131 por los canónigos de San Agustín, este Monasterio ha marcado un período absolutamente fundamental en la afirmación de la identidad de Portugal. Santa Cruz y sus monjes han marcado la cultura monástica en Portugal, convirtiéndose así en una referencia intelectual.
El barrio judío más antiguo se encuentra cerca de Santa Cruz, en la ladera empinada de Corpus Christi (Corpo de Deus). El barrio musulmán se encuentra en frente del Monasterio. Concluyendo, tuvimos una Coimbra cristiano, un judío y un Coimbra uno árabe, que fueron eliminados como vértices de un triángulo ecuménica del mestizaje cultural.
En junio de 1139, por orden del príncipe Afonso Henriques, la parroquia de Santa Cruz fue limitada en el lado sur de la pendiente judía. En la extensión del barrio judío, hacia el noreste, hasta el Almoinha Régia, (regis Almonia), que más tarde se convirtió en la Quinta de Santa Cruz y es ahora la Avenida Sá da Bandeira, fue entonces situada la almocávar (cementerio) y la Fonte dos Judeus (judía Fuente).Esta zona no fue muy habitada, sólo está permitida la circulación de las personas judías, una vez que la entrada de las mujeres cristianas en el interior del cuarto estaba estrictamente prohibido y, aunque la entrada de los cristianos estaba sujeta a muchas limitaciones. Sin embargo, había una buena vecindad entre la comunidad y los monjes de Santa Cruz, que, durante el reinado del rey Juan III (1521-1557), transformó el camino steepy situado en el noreste de la parte superior de la Judería, que difícilmente podría permitir el paso de un hombre, en una calle (la Rua das Figueirinhas).
El escrito y los registros autorizados tienen ninguna mención a la existencia de puertas o sinagoga. Como sucedió en otros lugares, este último fue, probablemente, en el lugar más alto del barrio. En el centro del barrio judío todavía hay una pequeña iglesia dedicada a Corpus Christi o Santa Maria da Vitória (Nuestra Señora de la Victoria), construido o reconstruido en 1367, pero que muestra hoy algunas de las características del siglo 18.
El primer intento de delimitar la Judería Nueva era en un lugar llamado Pedreira, cerca de S. Salvador Colegiata. Sin embargo, debido a la fuerte oposición liderada por los canónigos de S. Salvador, el rey cambiara de opinión y decidió delimitar el barrio en las afueras de el Largo de Sansão, en un campo húmedo, a menudo afectada por las inundaciones. Este nuevo trimestre crecería en un área que se fue de la rua Direita hasta la Colegiata Santa Justa (por un lado) y hasta el Largo da Freiria (al otro lado). Esta delimitación se debe haber hecho en torno a 1360-1380. El área también debe haber la bienvenida a los artesanos, que han establecido aquí, siendo, todavía hoy, presentes en la toponimia de la zona comercial (Baixa).
Descrito en 1139 como uno de los límites de la parroquia de Santa Cruz, se encuentra probablemente en la parte inferior de la Couraça dos Apóstolos, en el campo denominado "campo de la fuente judía", siendo uno de los límites de la judería. Más tarde, se ha remodelado y la fuente que vemos hoy es una construcción barroca, cuidadosamente decoradas, que se ha terminado en 1725 Tiene una larga inscripción sobre sus obras, que ha sido promovido por el juez del Rey, Pedro Rodrigues de Almeida. Las escaleras que rodean la fuente han sido diseñados por el arquitecto Antonio Madeira Portugal y concluido en 1986, cuando la fuente ha sido trasladado de su lugar original, detrás del Mercado D. Pedro V (Mercado del rey Pedro V).
El Patio de la Inquisición debe su nombre a los edificios, con valor histórico y arquitectónico, en el que el Tribunal de la Inquisición ha trabajado después de 1548 Las casas se enfrentan a un patio interior que debe haber tenido un jardín. Además del edificio, que ha sido el sitio de la Inquisición en Coimbra, el patio también se ha reunido el Colegio primitivo de las Artes, un claustro parcialmente limitado por arcadas iónicos del siglo 16 y un patio interior, rodeado de varias dependencias de la Inquisición: cárceles , salas de tortura y las casas pertenecientes a los inquisidores.
Las cárceles ahora se pueden ver a través de las gruesas gafas que tienen como techo. Ellos todavía mantienen una belleza que se puede ver en los viejos ladrillos utilizados en los hornos, en los grandes arcos del piso medio, o en una bóveda estrecha que podemos ver en una habitación alta y que es seguido por otro, en un sala inferior y más pequeño. En una de las habitaciones pequeñas, todavía podemos encontrar una pintura que es lo que queda de un antiguo fresco. Con un dibujo oscuro indeleble, muestra adornos vegetales simplificados, un tipo de bordado.
Antes de que el Patio está abandonado, se han utilizado sus casas, durante la primera república, como caballerizas de la Guardia Nacional. Han dejado el signo de su paso en un graffiti, una influencia del gorro frigio. En la planta noble, se puede leer, en una de las paredes: Liberdade Egualdade Fraternidad (Libertad, Igualdad, Fraternidad). El edificio es notable, no sólo por su arquitectura primitiva, sino también por las numerosas restauraciones que ha tenido, incluyendo la que el arquitecto João Mendes Ribeiro ha tomado para adaptar el edificio para acoger el Encontros de Fotografia (Reuniones fotografía).
Cerca de la iglesia de Santa Cruz, el antiguo Largo de Sansão era un lugar de encuentro, siendo así también un lugar de los mercados y en las fiestas. Esta razón, así como por su monumentalidad, ha llevado a ser elegido para recibir una-de-fé auto. Como sabemos, los lugares donde los autos-de-fé tuvo lugar fueron elegidos cuidadosamente, no sólo por el protocolo que incluyen asuntos muy estrictas para ser tratados previamente, pero, sobre todo debido a la espectacularidad que se presentan, por lo tanto tener una enorme impacto en las personas que los observaban.
La Praça do Comércio, Praça Velha, Praça de São Bartolomeu o simplemente Praça, ha sido el centro de los alrededores de Coimbra y un área importante en su vida. Durante siglos, esta plaza ha sido uno de los centros más destacados de la actividad en la ciudad, y, por esta razón, se ha recibido la mayor parte de los autos-de-fé en Coimbra. El primer público auto de fé en la ciudad ha llevado a cabo en este lugar el 05 de octubre 1567, que ha condenado a 27 hombres y 72 mujeres, siendo seis de las mujeres quemadas vivas.
Pero, tal vez los más famosos fueron los de 18 de junio 1623 y 05 de mayo de 1625 En la primera, 139 personas han sido condenadas, diez de ellos a la muerte. Se incluyen en este número había dos monjas del Convento de Santana, Violante de Faria (detenido desde 17 de octubre 1621) y su hermana, Mariana do Deserto, hijas del profesor de Matemáticas, André de Avelar. Ambos fueron condenados a prisión en un convento elegido por los inquisidores. En el mismo auto-de-fé, André de Avelar también ha sido condenado, por segunda vez desde el 17 de octubre 1622, siendo condenado a cadena perpetua sin remisión.
Dos días después, fue enviado a Lisboa para cumplir su pena. El 4 de mayo de 1624, otro auto-de-fé tendría lugar en la misma plaza. En éste el hijo de André de Avelar, Pedro Homem de Faria, quien fue detenido desde 11 de febrero 1621, fue condenado a caminar con fuego "sambenitos" y de pasar cinco años en las galeras, remando sin salario. El Domingo, 05 de mayo 1625, 189 personas fueron condenadas, entre ellos 11 monjas. Nueve personas con origen judío han sido quemados vivos, siendo uno de ellos una monja del monasterio de Semide (cerca de Coimbra).
Creado gracias a los jesuitas, su construcción se ha iniciado en 1598 su construcción probablemente ha durado un siglo. Su fachada muestra el largo tiempo que ha llevado a construir: la primera fase de las líneas es muy clásica y la segunda fase es ya barroco. Los santos de la Compañía de Jesús - Inácio, Luis Gonzaga, Francisco Javier y Francisco de Borja - están representados en las esculturas de la primera fase de la fachada. Era una iglesia privada del Colégio da Companhia de Jesús (Compañía del Colegio de Jesús), habiendo pertenecido a la Orden hasta su expulsión de Portugal, en 1759.
A pesar de su relación con el Santo Oficio, atacando herejías, así como la judía comunidades, hasta alrededor de 1620, este templo fue sin tener relación directa con la Inquisición. Sin embargo, se considera un espacio simbólico, porque el Padre António Vieira ha vivido en la universidad cerca de la iglesia, después de haber sido condenado por el Santo Oficio. También fue en este lugar que, en la tarde del 23 de diciembre de 1667, fue condenado, por el mismo tribunal, "no tener ni derecho a tener voz activa o pasiva, ni a predicar, y para permanecer detenido en una casa de su religión a ser elegido por el Santo Oficio ".
Fundada en Lisboa, en 1290, fue transferido definitivamente al Palacio Real de Coimbra en 1537, durante el reinado del rey Juan III. También en el mismo período, los estudios han sido reformados y la universidad ha recibido nuevos profesores portugueses y extranjeros. Fueron transmitidas nuevas formas de enseñanza y nuevos temas científicos, sobre todo gracias a los "estrangeirados" (los portugueses que habían viajado a otros países, obteniendo diferentes saberes).
Pero este conocimiento también podría ser alcanzado a través de los judíos a los nuevos maestros cristianos que han desarrollado y transmitido en esta Universidad, una de las más antiguas de Europa, los estudios científicos importantes en varios campos diferentes como la medicina, las ciencias exactas y la botánica. Estas características han transformado la Universidad en un centro de "libre-pensamiento", que representaba una amenaza para la unión defendida por el reino, en relación con la fe, culturales y religiosas política.
Cualquier cosa contra el Concilio de Trento fue condenado y muchos profesores han desea encarar, acusado de homosexualidad o la inmoralidad, blasfemias contra la religión, el protestantismo y el judaísmo. Muchos de ellos han sido detenidos, condenados o forzados a abandonar sus puestos de trabajo. Muy pocos cambios han sido aceptados en las escuelas y la Universidad sólo ha dejado su propia evolución. Los métodos antiguos todavía se utilizan y no se aceptó ningún avance científico o cultural. De los que han luchado contra la censura organizada, muy pocos han ido más allá del empirismo, transformándola en una actitud científica clara.