Aux origines lointaines, c'est la domination arabe qui marqua le développement du lieu qui lui donna son nom. Selon la légende, pendant la Reconquête Chrétienne le chevalier de l'ordre des templiers Gonçalo Hermingues, connu comme Traga-Mouros, s'est épris de Fátima, une maure capturée lors d'une embuscade.
Partageant son amour, la jeune femme se convertit au christianisme en prenant le nom de Oureana. Au XVIè siècle, la localité de Fátima fut élevée au rang de paroisse de l'église collégiale de Ourém, faisant ainsi partie du Diocèse de Leiria.
La ville s'est beaucoup développée à partir des Apparitions de la Notre Dame de Fátima, au début du XXè siècle, et s'est transformée en l'un des plus grands centres consacré à la Vierge Marie au Portugal, mondialement reconnu par l'Église Catholique.
La première apparition de la Notre Dame de Fátima eut lieu en 1917, au lieu appelé Cova da Iria, où se trouve actuellement le Sanctuaire de Fátima. Les plus grandes manifestations de dévots ont lieu le 13 Mai (et plus particulièrement la Processions des Bougies, le 12 au soir, et le 13, la Procession de l'Adieu, qui clôture les célébrations) ainsi que le 13 Octobre. Toutefois, entre ces deux dates, tous les jours 13 sont jours de dévotion.
En rapport avec le culte de Notre Dame de Fátima, il est possible de visiter les maisons où vécurent les petits pasteurs prophètes, dans le village de Aljustrel.
Dans le Jardin de la Maison de Lúcia, un monument signale la deuxième apparition de l'Ange de la Paix et la fin du Chemin Sacré initié au Sanctuaire. Le long du chemin il existe 14 petites chapelles offertes par des catholiques hongrois qui s'étaient réfugiés en occident. Le passage par Valinhos se distingue, à 400 mètres du village, par les monuments qui signalent le lieu de la quatrième apparition en 1917 et la Loca do Anjo, où en 1916 les petits pasteurs ont vu l'Ange de la Paix la première et la troisième fois.
